Belastend für die Tiere sind zudem die eigenen Exkremente, in denen die reinlichen Schweine leben müssen. Urin und Kot sickern durch die Spalten im Boden oder werden durchgetreten. Aufsteigendes Ammoniak und Schadgase sind für die empfindlichen Schweinenasen extrem unangenehm und belasten die Atmungsorgane stark. So wiesen im Rahmen einer Untersuchung von über 4.300 Schweinelungen an Schlachthöfen in Süddeutschland über 90 Prozent der Lungen verändertes Gewebe auf.
Andere Studien zeigen, dass ein erheblicher Teil der Schweinelungen bereits zu 30 Prozent und somit irreversibel, geschädigtes Gewebe aufweist. Auch die einseitige Zucht in der Schweinemast führt zu vielen gesundheitlichen Problemen, die teils die Grenze zur Qualzucht überschreiten. Hier steht allein die hohe Gewichtszunahme im Fokus. Dabei wächst die Muskulatur schneller als das Skelettsystem. Vermehrte Beinprobleme sind die Folge. Zudem wächst die Muskulatur schneller als die inneren Organe. Dies führt etwa bei der Rasse Pietrain zuHerz-Kreislaufproblemen. Mit der Zucht auf hohen Magerfleischanteil verhält es sich nicht besser. Sie führt zu vermehrten Muskelerkrankungen, Störungen des Herz-Kreislaufsystems und macht die Tiere stressanfälliger. Eine Zucht der Sauen auf die Produktion großer Würfe ist ebenso als Fehlentwicklung zu werten. Das Geburtsgewicht der einzelnen Ferkel nimmt ab, was die Verlustrate steigen lässt.