Die Hoffnung, dass die Aquakultur einen wesentlichen Beitrag dazu leisten kann, die natürlichen Fischbestände in den Weltmeeren zu schonen, hat sich nicht erfüllt. Fischfang ist zumindest für die großen, hochtechnisierten Fischfangflotten bei bestimmten Fischarten noch immer rentabel und wird unbeirrt fortgeführt. Zudem werden in Aquakulturen häufig Fischarten gehalten, die sich von anderen Fischen ernähren. Um ein Kilogramm Lachs zu erzeugen, benötigt man ungefähr vier Kilogramm Wildfisch. Damit wird der Fischfang in den Weltmeeren sogar noch verstärkt. Versuche, diese Fischarten auf vegetarische Kost umzustellen, stehen noch am Anfang. Da es sich um eine artwidrige Form der Fütterung handelt, wundert es nicht, dass es nur bei wenigen Fischarten auch nur halbwegs gelingt. Als pflanzlicher Ersatzstoff wird etwa Soja verwendet, für dessen Anbau jedoch Regenwälder in Brasilien abgeholzt werden.
Konventionell betriebene Aquakultur beinhaltet auch unmittelbare ökologische Risiken. Die Ausscheidungen der Fische, nicht vollständig verwertete Nahrung, tote Fische sowie Medikamentenreste führen zur Überdüngung und Verschmutzung der Umgebungsgewässer. Besonders empfindlich sind marine Standorte. So gingen im Mekong-Delta seit 1975 etwa 70 Prozent der Mangrovenbestände verloren. Ein großer Teil dieser Verluste wird der Garnelenzucht angerechnet.
Farmfische, die aus den Käfigen entweichen, verändern die umliegenden Ökosysteme. Sie sind durch die Zucht den einheimischen Fischen hinsichtlich ihres schnellen Wachstums, Futterverwertung, Reproduktionsfähigkeit und der Toleranz gegenüber schlechter Wasserqualität klar überlegen. Die Folge ist eine ungleiche Konkurrenz um den Lebensraum, was zur kompletten Verdrängung der heimischen Arten führen kann.