Ähnlich wie bei Mastschweinen oder Geflügel in der Massentierhaltung werden Fische in konventionellen Aquakulturen in hohen Besatzdichten und weitgehend fehlender Strukturierung des Lebensraumes gehalten. Diese Besatzdichten erhöhen die Krankheitsanfälligkeit, führen zu Flossenschäden, Augentrübungen, Minderwuchs, Verhaltensstörungen oder frühzeitigem Tod. Arzneimittel werden deshalb in großem Stil und vielfach vorbeugend eingesetzt. Dennoch sind Verlustraten mit über 20 Prozent, wie bei der Lachshaltung, keine Seltenheit. Energiefutter und Masthilfsmittel ersetzen die natürliche Nahrung. Gegen Algenwuchs und unerwünschte Lebewesen wird die Chemiekeule eingesetzt.
Extrem belastend ist es für die Tiere, wenn sie aus dem Wasser entnommen werden. Dies geschieht in der Aquakultur mehrfach: wenn sie transportiert, in Größen sortiert, ihre Geschlechtsreife kontrolliert oder sie für die Schlachtung vorbereitet werden. Versuche mit Doraden, die drei Minuten außerhalb des Wassers verbringen mussten, ließen ihren Stresshormonpegel auf das 50-Fache ansteigen. Abgesehen davon schädigen die Vorgänge nicht selten die empfindliche Schleimschicht. Diese ist jedoch unabdingbar für die Fortbewegung im Wasser sowie den Schutz vor bakteriellen Einflüssen.
Um die Erträge zu maximieren, werden hier auch grundlegende ethische Grenzen überschritten. Mittels Gentechnik wurde ein transgener „Turbolachs“ maßgeschneidert. Dieser besitzt ein Gen für ein Wachstumshormon aus einer anderen Lachsart und ein weiteres Gen aus einer an kalte Regionen angepassten Fischart. So wird die Schlachtreife nicht nach drei Jahren, sondern in der Hälfte der Zeit erreicht.
Im November 2015 hat die US-Lebensmittelbehörde FDA diesen Lachs zum Verzehr freigegeben. Doch die meisten US-Lebensmittelketten weigern sich bislang, diesen Fisch zu verkaufen.
Leider gibt es nicht einmal in Europa oder Deutschland spezielle, tierschutzrechtliche Regelungen, unter welchen Bedingungen Fische in Aquakulturen gehalten werden dürfen. Große ungelöste Fragen bestehen auch bei den gesetzlich bestehenden Regelungen zur Betäubung und Tötung der Tiere. So ist nach deutschem Recht die Tötung von Salmoniden mittels Kohlendioxid zulässig. Jedoch wird dieses Betäubungsmittel von den Fischen als aversiv empfunden. Die Betäubung mittels elektrischem Strom könnte für viele Fischarten zwar schonender sein. Aber hier gibt es immer noch zu wenig Wissen über die notwendigen Parameter wie Stromstärke, Spannung, Stromflussdauer, um dieses Verfahren fischartspezifisch verantwortungsvoll anwenden zu können. Aale sind so robust, dass selbst ein Nackenschnitt nicht zur sofortigen Empfindungs- und Wahrnehmungslosigkeit führt.
Beim konventionellen Massenfang von Fischen mit Netzen wurde in Deutschland die Betäubungspflicht durch die Tierschutzschlachtverordnung aus wirtschaftlichen
Gründen kurzerhand außer Kraft gesetzt. Diesen Tieren bleibt ein schrecklicher Todeskampf; sie ersticken an Bord oder werden von den anderen Tieren erdrückt.
Jedoch ist Aquakultur nicht per se negativ zu bewerten. Diese kann unter verschiedenen Voraussetzungen tierschutzkonform, nachhaltig und ökologisch verträglich betrieben werden. Wie etwa bei der traditionellen Karpfenhaltung in deutschen Teichwirtschaften. Seit Mitte der 90er Jahre wirtschaften zudem einige Betriebe nach speziellen ökologischen Kriterien. Seit 2010 wird die Aquakultur auch in der EU-Ökoverordnung erstmals berücksichtigt. Die praktizierten Standards der Öko-Betriebe orientieren sich maßgeblich jedoch noch an selbst auferlegten Richtlinien. So sollen die Tiere ihrer Natur gemäß fressen, ruhen und sich bewegen können. Die zulässigen Besatzdichten sind im Vergleich zur konventionellen Haltung geringer, Transporte zeitlich beschränkt. Die Gabe von Hormonen ist verboten.